Вы можете использовать Visual Slick Edit , он имеет язык сценариев, который может использоваться для создания команд. Кстати, если ваша сборка основана на linux, я предлагаю вам отредактировать под linux (есть различные редакторы для программистов, которые доступны бесплатно).
В Windows почти каждый редактор, который стоит называть редактором, обладает способностью управлять сборками (часто через make), поэтому даже VIM или Emacs могут быть выбором производительности (да, я не большой поклонник IDE, мой настоящий редактор - VIM с хорошими тоннами vimscripts и да, у меня есть навигация по коду, просмотр ошибок и скорость света при печати - и то же самое возможно с emacs).
Ultraedit - это еще один редактор, способный редактировать файл через ftp (и, возможно, через SSH), но я сомневаюсь, что он может породить удаленное создание и получение результатов.
Если вы не пользуетесь сборками, а просто компилируете, возможно, стоит проверить часть Cygwin и посмотреть, сможете ли вы организовать компиляцию под Windows, тогда для сборки вручную прибегните к коробке Linux, это, вероятно, удалит проблема компиляции (каждый программист будет компилировать на своем компьютере, и только сборки (компиляция + ссылка) останутся на компьютере с Linux.