Если формат строки фиксированный:
cellArray = {'22.11.2011 13:58:56.16'};
seconds = cellArray{1}(18:19);
Если нет, вы можете, например, найдите последний :
и введите два следующих символа:
lastColon = find(':'==cellArray{1}, 1, 'last');
seconds = cellArray{1}(lastColon+1:lastColon+2);