Использование маркера зависит от типа потока. В большинстве аудиопотоков Маркер указывает разрыв в потоке (то есть первый пакет "всплеска" аудиопакетов). Для видеокодеков обычно это означает последний пакет кадра, хотя для большинства кодеков это также может быть выведено путем изменения временной метки в следующем пакете. Однако потеря пакетов на границе кадра может запутать эту эвристику, поэтому маркер может быть полезен. (Некоторые кодеки (H.264) используют внутренние явные маркеры пакетирования конца фрагмента, что делает маркер в основном неактуальным.)
Относительно того, почему он исчезает - вам нужно отладить ваш код и все библиотеки, которые вы используете, и, возможно, также проверить записи tcpdumps / wireshark.