Да, поскольку у вас включена совместимость с ASP.NET и вы используете безопасность ASP.NET, при условии, что у вас есть правильный параметр <authorization>
для ресурса WCF, он должен быть защищен безопасностью ASP.NET.Как минимум, это означает, что вы должны иметь авторизацию, определенную следующим образом для ресурса WCF:
<authorization>
<deny users="?" /> <!-- deny all anonymous users -->
<allow users="*" /> <!-- allow all authenticated users -->
</authorization>
Только если вы разрешите "*", ваша служба WCF будет недоступна для неаутентифицированных пользователей.
Подробнее об этом можно прочитать здесь, в этой статье MSDN в разделе, озаглавленном Размещение служб WCF в режиме совместимости с ASP.NET .