Если вы разрабатываете с использованием только GAE и GWT и не используете какие-либо специальные службы GAE, такие как mail, blobstore, memcache, то вам не о чем беспокоиться. Вы привязаны к GAE в той степени, в которой вы используете только услуги GAE. Тем не менее, вы должны следить за тем, как вы получаете доступ к хранилищу данных, поскольку низкоуровневые API-интерфейсы заблокируют вас в хранилище данных.
Я не пробовал использовать AppScale, и я предполагаю, что вы спрашивали, можете ли вы разместить свое веб-приложение на отдельном сервере Tomcat / Glassfish с обычной RDBMS.