На самом деле Prototype создает новый «экземпляр» для каждого запроса. Вы делаете это так:
var request = new Ajax.Request('/your/url', {
onSuccess: function(transport) {
// yada yada yada
}
});
Обычно вы пропускаете часть "var request =", если вам не нужен доступ к открытым свойствам экземпляра. Одной из возможных причин будет доступ к свойству «transport», которое содержит «необработанный» объект XMLHttpRequest.