Я бы попросил некоторые данные для подтверждения этого утверждения. Разве базы данных также не используют ввод-вывод? Или ваше решение JDBC подключится к не виртуализированному экземпляру базы данных?
Как часто вы переиндексируете Lucene? Я не понимаю, как это может быть проблемой, если вы делаете это только один раз в день, используя отдельное пакетное задание.
Я бы предпочел Lucene JDBC, потому что решение требовало возможности поиска. Попробуйте когда-нибудь выполнить поиск в свободной форме с предложениями SQL и LIKE. Это казалось бы гораздо более неэффективным.
Если это большая проблема, попробуйте небольшой тест.