Настройки IDE VS2010 сохраняются в IDE, а не в проекте или решении.(За исключением, конечно, настроек проекта / решений, но я предполагаю, что мы не говорим об этом)
После прочтения этой статьи msdn кажется, что общий способ иметь разныенаборы конфигурации используют опцию параметров импорта / экспорта, имеющую по одному xml-файлу для каждого набора конфигурации.
Возможно, какое-то дополнение может выполнить эту работу, но в настоящее время я не знаю ничего с этими функциями.