Да, вы можете обмениваться объектами, описанными в XIB, с объектами, созданными программой, и можете делать запрограммированные изменения объекта, инстанцированного XIB, или вы можете использовать объект, инстанцированный XIB, внутри запрограммированного представления.
По сути, XIB просто «генерирует код» (в обратном порядке) для создания экземпляров объектов, которые он описывает, и после создания корневого представления и всех его подпредставлений он неотличим от созданного программой двойника.