Если вы используете SQL Management Studio, в параметрах есть две настройки (я имею в виду Management Studio из SQL Server 2005, которую я использую):
(моя Management Studio на немецком языке, поэтому я надеюсь, что я правильно перевел названия на английский)
Вы можете найти оба в меню в разделе «Дополнительно» -> «Параметры»
В опциях, первый из которых находится в разделе «Выполнение запроса», вы можете установить там «Время выполнения» (у меня уже был ноль)
Второй (и я думаю, что это то, что вам нужно) - это первый параметр в разделе «Дизайнер», он говорит что-то вроде «Переопределить тайм-аут для обновлений дизайнера таблицы», вы можете установить флажок и ввести значение там.
Некоторое время назад у меня была проблема, похожая на вашу (сообщение о превышении времени ожидания при запуске ALTER TABLE для большой таблицы), и я решил ее, установив для этой опции более высокое значение.