Матрица в R - индекс phytools вне границ

Question

Я хотел построить матричное представление скупости с R. Я нашел этот филогенетический пакет , и я решил попробовать, хотя я новичок в R.

Подмножество деревьев можно найти здесь

Когда я использую этот пример, я могу идеально создать тестовое дерево.Однако, когда я использую свой файл, я получаю эту ошибку:

Error in XX[rownames(X[[i]]), c(j:((j - 1) + ncol(X[[i]])))] <- X[[i]]
    [1:nrow(X[[i]]),  :   subscript out of bounds

Еще одна вещь, которую я создаю, работает не так, как должна species.Потому что, если я напечатаю вид, я получу пустое "" и два NA.

(...)
if(i==1) species<-phy[[i]]$tip.label

РЕДАКТИРОВАТЬ
Я пробовал с другими файлами newick и у меня такие же и разные ошибки,Хотя функция говорит:

This function reads a file which contains one or several trees in
 parenthetic format known as the Newick or New Hampshire format.

Кажется, что эти файлы не читаются.Любая идея?

Кто-нибудь готов помочь понять, что я должен сделать, чтобы избежать этой ошибки?

Спасибо!

Answer 1

Как я решил проблему?

Я пробовал разные файлы newick, и все они дали мне ошибку.

Поскольку он работал с примером, предоставленным автором, после одного предложения я решил записать эти тестовые деревья в файл, понял, что деревья не имеют никаких расстояний, после удаления расстояний изфайл, код, предоставленный Лиамом, сработал!