Если вы планируете развертывать новые версии клиентского и серверного программного обеспечения одновременно, то имеет смысл иметь их в одном и том же хранилище. Вы сказали, что на стороне клиента и на стороне сервера нет общего кода, поэтому при слиянии не должно быть конфликтов. Но вы также сказали, что у вас возникли конфликты, поэтому похоже, что разработчики обеих ветвей вносят изменения в код на стороне сервера. Лучшими решениями будут: а) сказать разработчикам на стороне клиента не менять код на стороне сервера; б) чаще объединяться; в) обмениваться информацией между командами при внесении изменений, которые могут быть трудно объединить.
Если вы сейчас получаете конфликты, то разделение его на два репозитория не помогло бы вам ... возможно, ваша ветвь все равно будет вносить изменения в код сервера, но теперь вам нужно просто объединить два репозитория вместо одного. Я ожидаю, что вы получите те же конфликты, если вы попытаетесь использовать этот метод вместо того, что вы делаете сейчас, и для обслуживания двух репозиториев потребуется больше административных затрат.