Emacs, вероятно, подойдет, но, возможно, будет неудобно подстраивать все под свои нужды и привыкнуть к нему.
Emacs поставляется с C, Java, XML, Make и поддержкой других языков. Почти каждый язык может быть подключен и уже подключен кем-то другим.
Конечно работает под Ubuntu и хорошо интегрируется с GDB.