Вы должны проверить Combres , это доступно как пакет NuGet.Это объединит ваши файлы JavaScript, уменьшит их и послужит одним файлом для браузера.Этот единственный файл имеет уникальный хэш в имени, который работает с кэшированием браузера (источником вашей проблемы).
Все, что вам нужно сделать, это установить пакет с помощью NuGet и затем перечислить ваши файлы JavaScript в combres.XML-файл в App_Data.Он обрабатывает все остальное для вас.
В качестве бонуса, он также работает для CSS, а объединение и минимизация ваших файлов сделает ваш сайт намного быстрее для загрузки.