Как вы добавляете свои классы в диаграмму, они просто перетаскиваются из проводника проекта или вы реверс-инжиниринг кода в модель? Если вы просто перетаскиваете мышью, то упомянутая выше кнопка автоматического размещения - это то, что вам нужно.
Если вы импортируете классы автоматически из реверс-инжиниринга, у вас есть два варианта.
В Enterprise Architect в разделе Инструменты -> Параметры -> Проектирование исходного кода есть раскрывающийся список «Схема автоматической компоновки при импорте». По умолчанию он настроен на автоматическое размещение ваших диаграмм только при создании новой диаграммы. Если вы создаете диаграмму перед импортом класса, вы можете изменить раскрывающийся список на «Всегда». Помните, что, хотя вы работаете в Eclipse, движок Enterprise Architect по-прежнему отвечает за работу по моделированию в фоновом режиме.
Надеюсь, это поможет.