Часто наиболее разумным способом отслеживания версий документа является отслеживание изменений, внесенных в него. Затем, если запрашивается конкретная версия, ее можно восстановить из текущего документа и частичного набора изменений.
Таким образом, если у вас есть хороший метод описания типов изменений в документе (это будет в значительной степени зависеть от того, что это за документ и как он используется), то непременно используйте базу данных для отслеживания изменений и, следовательно, версий.