Вероятно, это проще всего сделать, загрузив сообщения с сервера, используя POP3 или IMAP4, а не пытаясь интегрироваться с почтовыми клиентами.
Существуют инструменты для доступа к почтовому ящику IMAP и сохранения сообщений в виде .eml файлов - также могут быть инструменты для этого через POP3
Я не проверял ни одного, но один инструмент, который появляется при быстром поиске, - http://www.broobles.com/imapsize/imap-backup.php
Недавно я написал на работе программу, которая подключается через IMAP и получает источник сообщения, а затем помещает его в файл .eml . Если вы опытный программист, это не очень сложно, если вы используете собственный класс IMAP и можете следовать соответствующей документации RFC, если застряли.