.htaccess никоим образом не отвечает за то, как ваше программное обеспечение ссылается на вещи, оно переписывает входящие URL-адреса пользователя, а не ваши HTML-файлы.Если ссылки сделаны относительно пути, то вы в конечном итоге столкнетесь с проблемой, которую описываете.
Если вы автор программного обеспечения, у вас нет другого выбора, кроме как заменить ссылки,Если вы используете какое-то другое программное обеспечение, у него может быть опция для дружественных для поисковых систем URL.