Это прекрасная возможность исправить свой пользовательский код :) В системе по умолчанию плоский каталог либо включен, либо выключен, без какой-либо степени детализации. В зависимости от характера хака, который нарушает плоский каталог, возможно, удастся избежать этой проблемы, и она будет включена глобально.
Возможно, более подробно о проблеме, из-за которой вы оставили ее выключенной?