Регулярное выражение не требуется.
input.substring(Math.max(0, input.length() - 6));
Если оно должно быть регулярным выражением по причинам API,
Pattern.compile(".{0,6}\\Z", Pattern.DOTALL)
Если вам необходимо сопоставить последние 6 кодовых точек (включая дополнительные кодовые точки), то вы можете заменить .
на (?:[\\ud800-\\udbff][\\udc00-\\udfff]|.){0,6}