EclipseLink включает поддержку как JPA, так и JAXB, что позволяет отображать базы данных и XML.Вы можете использовать JAXB для сериализации объектной модели в файл или поток.EclipseLink также имеет поддержку EIS для нереляционных баз данных, включая источники данных XML (в комплект входит адаптер файлов XML).
В общем, если вы просто ищете легковесную базу данных, я бы порекомендовал встроенную базу данных Java, напримеркак дерби или HSQL.