Red Gate's SQL Data Compare может сделать то, что вам нужно. Это не особенно дорого, особенно если вы покупаете его как часть комплекта (посмотрите некоторые другие их продукты - у них много полезных инструментов), и вы получаете бесплатную пробную версию, чтобы вы могли увидеть, работает ли она в вашей ситуации, прежде чем Вы покупаете это.
Я использовал его, и он хорошо работает. Он позволяет сравнивать и синхронизировать данные между двумя базами данных, даже если схемы немного отличаются.
Для функции «Автоматизация командной строки для непрерывной интеграции» вам потребуется версия Pro.