Объедините два списка в один, рассортируйте его, затем возьмите нужные части:
>>> yx = zip(Y, X)
>>> yx
[(0, 'a'), (1, 'b'), (1, 'c'), (0, 'd'), (1, 'e'), (2, 'f'), (2, 'g'), (0, 'h'), (1, 'i')]
>>> yx.sort()
>>> yx
[(0, 'a'), (0, 'd'), (0, 'h'), (1, 'b'), (1, 'c'), (1, 'e'), (1, 'i'), (2, 'f'), (2, 'g')]
>>> x_sorted = [x for y, x in yx]
>>> x_sorted
['a', 'd', 'h', 'b', 'c', 'e', 'i', 'f', 'g']
Объедините их вместе, чтобы получить:
[x for y, x in sorted(zip(Y, X))]