Кажется, что все используют str_replace, но я боюсь, что есть токены, и значения могут быть вложены в другое значение.Может быть, я ошибаюсь, и это излишне, но решение в любом случае:
$stringOriginal = "C D E F G H I J K L M N";
$stringRemove = "E F M";
var_dump(implode(' ',array_diff(explode(' ',$stringOriginal),explode(' ',$stringRemove))));
приводит к:
string(17) "C D G H I J K L N"