Все зависит от того, что вы собираетесь делать. Некоторые действия невозможно выполнить из-за преднамеренных ограничений окон, созданных разработчиком (по соображениям защиты от спама и безопасности).
Проверьте API и параметры командной строки, чтобы увидеть, могут ли они делать то, что вы ищете.
Вы можете выполнять команды командной строки из кода .Net в режиме без вывода сообщений, но это не всегда может делать то, что вам нужно.