Если вы говорите об использовании PHP и javascript в веб-приложении, первостепенное различие:
PHP работает на сервере. JS работает на клиенте.
Вы также можете запускать файлы JS на сервере, но это не обычный способ.
JS будет вызывать трафик от клиента к веб-серверам, которые он подключает. JS очень уязвим, поскольку он запускается там, где у вас нет контроля. Веб-браузеры иногда немного консервативны, если вы используете JS для опроса данных из разных доменов (в основном они сначала спрашивают целевой сервер, разрешает ли это такое поведение).
PHP будет вызывать трафик с вашего сервера на серверы, которые он подключает. На него сложнее атаковать, так как у вас есть (почти) полный контроль над ним.
Если бы вы могли более подробно указать, какое приложение вы собираетесь делать, возможно, выбор будет проще.