Только не позволяйте приложению делать то, что вы не позволите человеку, изменяющему приложение. Тогда не имеет значения, было ли приложение изменено или нет.
Ваше предлагаемое решение похоже на то, как банк пытается разработать ручку, которую нельзя использовать для записи плохих чеков, а затем пытается убедиться, что клиенты всегда используют эту ручку для записи своих чеков. Гораздо разумнее перестать беспокоиться о том, что клиенты пишут, чтобы выписать свои чеки, и просто отклонить любой чек, превышающий баланс клиента.
Или, иначе говоря:
1) Если приложение просит ваш веб-сервис сделать что-то, что вы не хотите делать, какая разница, если приложение изменено или нет?
2) Если приложение просит ваш веб-сервис сделать то, что вы от него хотите, какая разница, если приложение изменено или нет?
В сумме это не имеет значения.