Создайте значение конфигурации, специфичное для каждого сервера.На некоторых серверах вы встретите php5
в качестве команды cli вместо php :) И системный администратор может легко переименовать исполняемый файл или связать его с любым именем, которое ему нравится.
edit: попробуйте что-нибудь вместестроки:
$output = Array();
$result = -1;
exec("php -f myScript.php", $output, $result);
if($result==-1){
// you should try to exec use the other method here
echo "app 'php' not found";
}else{
// the exec was a success
}