Вам не нужно вызывать super.paintComponent, вы можете просто очистить область, чтобы убедиться, что на панели не осталось артефактов от предыдущего рендеринга (что будет делать вызов super.paintComponent).
@Override
protected void paintComponent(Graphics g) {
g.clearRect(0,0,getWidth(),getHeight());
g.setColor(Color.red);
g.drawLine(0, 0, getWidth(), getHeight());
g.drawLine(getWidth(), 0, 0, getHeight());
}
Попробуйте, если хотите, в коде на воздушной подушке.