Вы правы в том, что «несвязанные таблицы» не должны затрагиваться.Они не должны, и, насколько мне известно, они не.
На MySQL имеется много информации о блокировках, механизмах хранения и способах их обработки.
Чтобы ограничить блокировки, я бы предложил вам написать приложениеон считывает все данные, необходимые для создания этой новой таблицы, и просто вставляет значения вашего приложения в новую таблицу.Это может занять больше времени, но это будет происходить небольшими порциями и иметь меньше блокировок или вообще не иметь их.
Удачи!