Я предполагаю, что вы используете один и тот же регистратор в нескольких строках в log4j.properties
log4j.rootLogger=INFO, file
log4j.logger.com.company.project=DEBUG, file
В приведенном ниже примере appender с именем «file» будет регистрировать все классы от root, а классы в «com.company.project» также будут регистрировать «file». Таким образом, в итоге вы получите две строки в «файле».
Чтобы исправить это, вам нужно удалить «файл» и использовать его только один раз, например в rootLogger.
log4j.rootLogger=INFO, file
log4j.logger.com.company.project=DEBUG