Еще один «не ответ», но, возможно, полезно исключить некоторые вещи. Я пытался
byte[] data = new byte[] { 12, 14, 63, 45, 3 };
System.IO.FileStream file = System.IO.File.Create(HttpContext.Current.Server.MapPath(".\\imageLibrary\\test.pdf "));
file.Write(data, 0, data.Length);
file.Close();
и все работало нормально (был создан test.pdf). Я думал, что пробел в конце пути к файлу может вызывать проблемы, но это не так.
Вы уверены, что не заключили этот блок в блок try {} catch {}, который может поглотить путь или ошибку разрешений? Вы пытались установить точку останова в строке file.Close (), чтобы убедиться, что она зашла так далеко?