Если вы выбираете проект SDI, вы получаете целую инфраструктуру Model-View-Controller.
Вы получаете класс документа (унаследованный от CDocument), который в идеале должен содержать все данные, и класс представления (унаследованный от CView) для отображения.
Вам предоставляется хостинг-фрейм с уже прикрепленным меню, и есть функции, которые вы можете переопределить, чтобы сохранить и загрузить в файл.
Если у вас есть диалоговое приложение, вы получите одно диалоговое окно. Вот и все. Конечно, этот диалог может порождать других, но приложение по сути состоит из диалога.
Если вы разрабатываете небольшое приложение, которое выполняет только одну задачу, подходит диалоговое приложение, поскольку вам не нужны служебные данные.
Если вы разрабатываете приложение, в котором пользователь будет загружать, редактировать и сохранять данные, тогда путь SDI будет более подходящим.
Ответив на ваш вопрос, я вежливо спросил бы, была ли веская причина, по которой вы выбираете MFC вместо Windows Forms. Я считаю, что MFC была отличной технологией для своего времени, но пакет Visual Studio предлагает более продвинутые инструменты (если вы готовы пойти по пути .NET).