Правильное решение - обнулить секунды и сохранить тип данных:
SELECT `datetime` - INTERVAL EXTRACT(SECOND FROM `datetime`) SECOND
FROM `some table`
Если ваш столбец даты и времени содержит микросекунды, используйте этот вариант:
SELECT `datetime` - INTERVAL EXTRACT(SECOND_MICROSECOND FROM `datetime`) SECOND_MICROSECOND
FROM `some table`
SQL Fiddle
Теоретически, это должно быть быстрее, чем примеры, использующие функции форматирования даты.