Если ваша разреженная матрица хранится в словаре dict, вы можете использовать:
f = open('output.txt', 'w')
for (i, j), value in dict.items():
f.write("%s\t%s\t%s\n" % (i, j, value))
Это выведет данные в виде текстового файла с разделителями табуляции.