На сервере Windows вы не можете удалить файл, когда он используется другим процессом.
В системах Unix файл будет удален, но только для любых «новых» процессов, пытающихся получить к нему доступ. Все, что уже имеет открытый файл, сможет читать / записывать из него, как это было раньше. Файл будет по-прежнему занимать место на диске, пока все дескрипторы файлов на нем не будут закрыты, после чего он действительно будет удален. Таким образом, ваш пользователь FTP по-прежнему сможет завершить его загрузку.
Если ваше намерение состоит в том, чтобы принудительно прервать передачу по FTP, вам следует завершить процесс FTP, который закроет дескрипторы открытых файлов, что позволит ОС завершить удаление файла.