Полагаю, уже поздно, но чтобы получить все поля из двух таблиц, вы должны создать псевдоним для всех полей
$select = $db->select()
->from(array('u' => 'users'),
array('u.id'=>'u.id','u.employee_id'=>'u.employee_id','u.name'=>'u.name'))
->joinLeft(array('e' => 'employees'),
'e.id = u.employee_id',
array('e.id'=>'e.id','e.name'=>'e.name') );
И ваш массив будет выглядеть так:
array(
0=>array(
'u.id'=>'1',
'u.employee_id'=>'1',
'u.name'=>'John Doe',
'e.id'=>'1',
'e.name'=>'Worker'
),
1=>array(
...
));