Если вам нужно запустить это задание только один раз, вы можете создать консольное приложение и запустить его на сервере. Включите ссылку на Microsoft.SharePoint.dll, чтобы иметь возможность использовать объектную модель SharePoint. См. http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms473633.aspx для обзора различных объектов, которые вы можете использовать. (SharePoint 2010)
Если у вас нет доступа к серверу, вы можете попробовать то же самое, используя веб-сервисы, которые предоставляет sharepoint. См. http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms479390(v=office.12).aspx для списка веб-сервисов в WSS3.0
Но если вам нужно это делать регулярно, лучше создать веб-часть или пользовательскую службу для включения в SharePoint. См. http://msdn.microsoft.com/en-US/sharepoint/ee513148.aspx для введения в построение WebPart для SP2010.
Google вокруг, есть много, чтобы найти о взаимодействии с sharepoint через его объектную модель.