Это зависит от того, пытаетесь ли вы установить SWF в полноэкранный режим или просто получить размеры окна для какой-либо другой цели.
Если вы работаете в полноэкранном режиме, вам нужно установить для stageScaleMode значение NO_SCALE и встроить ваш flash-объект в элемент div, для которого параметры высоты и ширины установлены на 100%. Чтобы справиться с изменением размера, вашему флеш-проекту требуется прослушиватель события изменения размера (примененный к сцене), и все экранные объекты должны реагировать на этого прослушивателя изменения размера. Как только ваш SWF изменяет размеры должным образом, вы можете, как уже отмечалось, использовать stage.stageHeight / stageWidth для извлечения точных размеров внутри.
Если, с другой стороны, вы просто хотите получить размеры окна, вам нужно будет использовать ExternalInterface для вызова javascript. В jQuery есть несколько хороших инструментов для быстрого получения размеров экрана. Тогда это просто вопрос отправки этих данных во флэш-память. Помните, что в javascript также есть событие изменения размера, и вы можете использовать его для принудительного изменения состояния во флэш-памяти.
Вы правы в начальном фрагменте последовательности - отправляете flashvars при загрузке, но чтобы реагировать на изменения размера экрана, вам необходимо применить один из этих методов.
Удачи