Вы можете сделать:
String s = ...
s = s.replaceAll("\\[|]", "");
или:
s = s.replaceAll("[[\\]]", "");
или замену без регулярных выражений (поэтому экранирование не требуется):
s = s.replace("[", "").replace("]", "");
объяснение регулярных выражений (первые 2 примера):
1: \\[|]
\\[ # match `[`
| # OR
] # match ']'
2: [[\\]]
[ # start character class
[ # match '[', or
\\] # match ']'
] # end character class