Плагин org.eclipse.jface используется внутри Eclipse для отображения графических интерфейсов (например, списков, древовидных виджетов или мастеров), поэтому он должен быть доступен при использовании Eclipse Profiler. Однако предоставленное вами исключение может произойти просто потому, что некоторый код написан неправильно, а во время вызова метода из другого модуля просто возникает исключение - однако я не могу проверить это без трассировки стека.
Однако все, что я написал ранее, основано на идее, что ошибка генерируется в среде разработки Eclipse, а не в исполняемой программе, которой оснащается Eclipse Profiler (это инструментальное средство необходимо, поскольку инструмент вычисляет динамический графы вызовов: он запоминает, какие методы вызваны или нет).
Если исключение выдается вашей (инструментальной) программой, тогда я не понимаю, почему инструментальный код зависит от JFace. Я полагаю, что вы не разрабатываете подключаемый модуль Eclipse, потому что тогда в большинстве случаев доступны подключаемые модули JFace - в случае автономного Java-приложения это будет скорее ошибкой, и я бы предложил использовать другой граф вызовов инструмент.
Если графики вызовов нужны только во время разработки, я предлагаю использовать встроенный в JDT инструмент отображения графиков вызовов (доступно, если щелкнуть правой кнопкой мыши метод в редакторе Java и выбрать команду «Открыть иерархию вызовов» - или по умолчанию это сочетание клавиш Ctrl + Alt + Н).