Я тоже столкнулся с этой проблемой. Единственное решение, которое мне удалось найти, - это преобразовать в «LA», а затем обратно в «RGBA»
Попытка:
Image.open('input.png').convert('LA').convert('RGBA')
Я пытался отобразить полученный PNG в градациях серого с прозрачностью на холсте tkinter, но я думаю, что этот метод, вероятно, также будет работать для сохранения вывода.