Если вы можете читать файлы и запускать команды оболочки через удаленный MBeanServer на процессах Java, которые не находятся под вашим контролем, они скоро будут:)
Вы можете взглянуть на GMX .
Полное раскрытие: это мой проект.
GMX удаленно установит MBean на удаленный MBeanServer, а затем вы сможете передать ему скрипты groovy для выполнения. Я не пробовал, (я буду), но я предполагаю, что вы также сможете выполнять команды ОС.
(здесь есть дополнительная информация ).