Все, что вам нужно сделать, это вызвать вашу функцию или запустить любой код сразу после fadeToggle:
element.fadeToggle('fast');
element.scrollTop(300);
Это немедленно установит положение прокрутки, и эффект замирания будет следовать.
Вот что у меня есть: видимыми и скрытыми являются элементы, которые я назвал просто vars.
visible.fadeToggle('fast', function() {
hidden.fadeToggle('fast');
hidden.scrollTop(top_value);
});
Когда видимое скрыто, вызывается обратный вызов, и скрытый элемент становится видимым. Положение прокрутки устанавливается сразу после, поэтому вы видите изменения до того, как затухание завершится. Таким образом, вы получаете плавное затухание и сохраняете позиции прокрутки обоих элементов одинаковыми.