Не уверен насчет приложений основного метода, но в веб-приложениях мы должны предоставить предпочтение нашим файлам пути к классам.Weblogic, являющийся сервером приложений, предоставляет свои собственные фляги и другие сервисы.И по умолчанию он предпочитает использовать свои собственные банки.Так что, если вы хотите использовать свои собственные jar-файлы, которые находятся в пути к классам вашего проекта, то вы должны упомянуть об этом.Tomcat, являющийся контейнером сервлета, не имеет своих собственных jar-файлов, поэтому по умолчанию он ссылается на ваши библиотеки.Смотрите предпочтительные веб-классы inf.
http://docs.oracle.com/cd/E24329_01/web.1211/e21049/weblogic_xml.htm
<container-descriptor>
<prefer-web-inf-classes>true</prefer-web-inf-classes>
</container-descriptor>
Подобные настройки пути к классам должны быть доступны для приложений основного класса, я думаю.банки не должны быть встроены в другие банки.(Я думаю, что вы встраиваете кварты в другой общий jar. Основное приложение должно иметь два jar: commonsapp.jar и quartz.jar в своем classpath.)