Данг, всегда тот случай, когда ты часами пытаешься это выяснить, в конце концов сдайся и спроси сообщество, а затем через 2 секунды найди ответ. В моем случае ответ - да, можно использовать относительные пути в файле manifest.xml. Мои проблемы возникли из-за большого упражнения по рефакторингу, которое работало нормально, за исключением того, что я забыл обновить несколько пользовательских имен пакетов в моих XML-файлах (пометка «Обновить полные имена пакетов в не-Java-файлах» помогла бы!)
В любом случае, эти устаревшие ссылки на пакеты вызвали сбой во время выполнения. К сожалению, полученное вами сообщение об ошибке вводит в заблуждение, и для меня оно вообще не имеет ничего общего с моим декларацией манифеста. Исправление имен пакетов в моих XML-файлах (не касаясь моего манифеста) решило проблему для меня. Надеюсь, это когда-нибудь поможет кому-то еще.