Пытаетесь ли вы сравнить, если два файла имеют одинаковое содержимое, или вы пытаетесь найти, если это один и тот же файл (две жесткие ссылки)?
Если вы просто сравниваете два файла, попробуйте:
diff "$source_file" "$dest_file" # without -q
или
cmp "$source_file" "$dest_file" # without -s
, чтобы увидеть предполагаемые различия.
Также можно попробовать md5sum
:
md5sum "$source_file" "$dest_file"
Если оба файла возвращают одинаковую контрольную сумму, то они идентичны.