Я не использую / ненавижу Eclipse [1], но могу указать, как мы имеем дело с подобной проблемой.
Мы используем Maven с IntelliJ. В частности, оба из них поддерживают модули , которые определили внутренние зависимости. В вашем случае это могут быть -fb и -vz модули в зависимости от core , или вы можете разделить ядро на более мелкие части (например, DAO *). 1012 *, бизнес-логика и т. Д.).
При компиляции результаты «верхних» модулей будут использоваться для построения «нижних» модулей.
Давайте рассмотрим вопросы / недостатки, которые вы подняли: