Вы можете посмотреть здесь для библиотеки FFT, которая взаимодействует с C (и C ++). AFIK есть языковые привязки и для кучи других.
Я полагаю, что, поскольку вы задаете этот вопрос, вы знаете S.F.A о DSP и должны начать с некоторого элементарного чтения. Есть много знаний, которые вам нужно собрать, прежде чем вы сможете закодировать аудиопроцессор (даже используя доступные инструменты). Пол предоставил несколько ссылок на SO, но зайдите в поисковик и посмотрите.
Я звучу как полный укол, но без математической поддержки вы вкопаетесь в дыру и, возможно, начнете получать результаты, которые выглядят неплохо, но совершенно неточны.
Я бы порекомендовал Matlab в качестве отправной точки, потому что он содержит весь код FFT, а также медленный код DFT. Вы сможете легко составлять график результатов и изменять параметры на лету. Вы даже должны быть в состоянии изучить математическую основу, имея хороший справочник и ввод кода в Matlab. Есть 15-дневная пробная версия, и последний раз я проверял (изучая степень доктора философии много лет назад), студенческая версия была очень дешевой.