Допустим, у вас есть якорь:
<a href="#" class="close">Leave My Site</a>
Вы можете сделать что-то вроде:
$('a.close').click(function(e){
//$(this) would be your anchor
//awesome magic here
e.preventDefault();
});
e.preventDefault является важной частью, поскольку она предотвращает действие по умолчанию якорей отслучается.